海藻酸含有羧基、酚基等官能團，其較強的離子交換能力和吸附能力可減少銨態氮的揮發，延長氮肥的肥效；海藻酸能抑制土壤對水溶性磷的固定，減緩速效磷向無效態轉化，增加磷在土壤中的移動距離，促使根系對磷的吸收；海藻酸中的官能團可吸收儲存鉀離子，既可防止其在沙土及淋溶性土壤中隨水流失，又可防止粘性土壤中鉀的固定，提高鉀肥利用率。

海藻酸與難溶性的微量元素可以發生絡合反應，生成溶解性好、易被植物吸收的海藻酸微量元素絡合物；海藻中富含甘露醇等小分子化合物，可有效促進鈣、鎂等難移動元素在植物體內的運輸；海藻多糖類物質可以有效地螯合土壤中汞、鉛等有害重金屬，減少對植物的損傷。